| No | Program Studi | Fakultas |
|---|---|---|
| 1 | Ekonomi Pembangunan | Ekonomi dan Bisnis |
| 2 | Pendidikan Fisika | Keguruan dan Ilmu Pendidikan |
| 3 | Agrobisnis Perikanan | Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| 5 | Budidaya Perairan | Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| 4 | Ilmu Kelautan | Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| 6 | Manajemen Sumber Daya Perairan | Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| 7 | Pemanfaatan Sumber Daya Perikanan | Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| 8 | Teknologi Hasil Perikanan | Perikanan dan Ilmu Kelautan |
| 9 | Ilmu Tanah | Pertanian |
| 10 | Pemuliaan Tanaman | Pertanian |
| 11 | Pengelolaan Hutan | Pertanian |
| 12 | Hukum (Kampus Kab Maluku Barat Daya) | PSDKU |
| 13 | Pendidikan Bahasa Inggris (Kampus Kab. Kepulauan Aru) | PSDKU |
| 14 | Pendidikan Bahasa Inggris (Kampus Kab. Maluku Barat Daya) | PSDKU |
| 15 | Pendidikan Matematika (Kampus Kab. Maluku Barat Daya) | PSDKU |
| 16 | Peternakan (Kampus Kab. Maluku Barat Daya) | PSDKU |
| 17 | Fisika | Sains dan Teknologi |
| 18 | Kimia | Sains dan Teknologi |